医学系目前有护理、临床医学、医学检验技术、医学影像技术、药学5个高职专业。有护理、药剂、医学检验技术、助产、农村医学、医学影像技术6个中职专业。

校区占地8.3万㎡，建筑面积52802.68㎡。实训室60间，实训工位1840个，有总面积为800㎡的人体生命科学馆一座和校企合作全疆连锁药店一家。

现有教职工161。其中，专业技术岗146人，专业技术岗中专任教师118人，专业教师87人，双师型教师54人，高级19人（正高1人，副高18人），中级29人，援疆教师5人。

现有学生4344人，其中高职2189人，中职2155人。

2018年、2019年荣获自治区职业院校护理技能大赛团体一等奖。2020年参加自治区“三区三洲”乡村振兴新疆区预选赛包揽养老护理员、育婴员两个赛项全部一、二、三等奖。系部荣获优秀组织奖。2021年获得“1+X职业技能等级证书优秀试点院校”称号。2022年参加新疆维吾尔自治区首届职业技能大赛，20名师生包揽两个项目一、二、三等奖，学院获得优秀组织奖，护理教研室荣获“喀什地区最美劳动者集体称号”，《外科学》课程团队获得自治区职业院校技能大赛教学能力比赛三等奖。医学系第一党支部被评为喀什地区“五好党支部”。2023年参加自治区技能大赛，中职护理组教师获得个人赛二等奖和学生获团体三等奖；高职护理组获得自治区技能大赛团体赛三等奖。